Переходим в каталог, в котором лежит конфиг дефолтного ядра:
cd /sys/i386/conf
Теперь создадим где-нить в укромной щели конфиг нового ядра путем копирования конфига дефолного ядра GENERIC. А в каталоге /sys/i386/conf сделаем на него симлинк. На фига? Чтобы когда будете удалять /usr/src, конфиг рабочего ядра сохранился, мб пригодится.
cp GENRIC /root/MYKERNEL
ln -s /root/MYKERNEL .
Теперь выкидываем все лишнее из конфига и конфигурируем новое ядро:
config MYKERNEL
Если все ok, скажет в каком каталоге будет проводится сборка нового ядра, перейдем в этот каталог, далее:
make depend
make
make install
Если ошибок нет, можно перегружаться, старое ядро будет лежать в /kernel.old, надеюсь не пригодится.
Должен заметить, что приведенный способ не единственный, а так же, что этот процесс подробно описан в туевой хуче разных руководств, статей, книг, в handbook, на разных языках народов мира и тп и тд.